《中国中医古籍总目》收录了全国150个图书馆（博物馆）馆藏的1949年以前出版的中医图书13455种，比既有《全国中医图书联合目录》总量增加了2263种（原《全国中医图书联合目录》中有929种因重复著录或遗失注销而删除）。此外，该书所收古籍版本的数量，较《全国中医图书联合目录》增加了3652个，其中不乏明以前的珍稀善本图书，如被业内专家评定为国宝级的明宫廷彩绘本《补遗雷公炮制便览》和宋代杨介撰《存真图》等，均为未见史志记载的珍稀孤本。为了最大限度地满足查询中医古籍的需要，该书还收录了一批流失海外在国内已经失传的中医古籍的影印本、复制本，并收录了祝由科的著作。在该书的编撰后期，又收集到台湾6家图书馆馆藏中医古籍目录，以附录形式列于书后，供读者参考。

 

     中医药作为中华民族智慧的结晶，历代著述甚丰，战国迄今积累约有万余种。而中医专科书目编纂工作相对滞后，自明代殷仲春编撰《医藏书目》后，历三百多年国内未有大型中医专科书目面世。中国中医科学院成立以来，先于1958年与北京图书馆（现国家图书馆）联合主编了《中医图书联合目录》，但未能正式出版。后在《中医图书联合目录》的基础上，中国中医科学院图书馆再次进行全国中医古籍资源调查，于1991年编纂出版了《全国中医图书联合目录》。该书收录了全国113家大型图书馆收藏的1949年以前出版的中医图书12124种。为了准确反映中医古籍的存世现状，中国中医科学院在《全国中医图书联合目录》的基础上扩大了调查范围，整合各种社会信息资源，编写了《中国中医古籍总目》这部全面、准确记载当前中医古籍收藏分布情况的大型中医古籍专科书目。